RFLP: به منظور شناسایی جهش­ها در توالی ژنوم از روش پلی مورفیسم طول قطعه محدود استفاده می­شود. یک جهش(Mutation) می­تواند منجر به حذف و یا ایجاد یک جایگاه برش(restriction site) جدید در توالی DNA گردد. نخست هر دو توالی سالم و جهش یافته(mutant) با استفاده از PCR تکثیر می­شوند. سپس از یک آنزیم محدود کننده(restriction enzyme) برای ایجاد برش در هر دو توالی استفاده می­شود. اگر جهش منجر به ایجاد جایگاه برش شده باشد پس از الکتروفورز، توالی جهش یافته به شکل دو قطعه کوتاه بوده و توالی سالم یک توالی بلند را نشان می­دهد و برعکس. از این روش در شناسایی جایگاه جهش مولد بیماری(genetic disorder)، نقشه کشی ژنوم(genome mapping)، تست والدینی(paternity test) و میزان خطر احتمال وجود و بروز بیماری استفاده می­شود.