یکی از چالش‌های بزرگ در کشور آفات و بیماری‌هاست که سالانه باعث کاهش 30 درصدی محصولات کشاورزی می‌شود. متاسفانه برای رفع این مشکل از سموم کشاورزی استفاده می‌شود. در کشور 288 نوع سم مصرف می‌شود که 95 درصد آن وارداتی است و هزینه واردات آن130 تا 150 میلیون دلار برآورده شده است.

سموم کشاورزی علاوه بر هزینه‌های گزافی که بر قیمت تمام شده محصولات کشاورزی تحمیل می‌کنند خسارت‌های بی‌شماری را برای سلامت انسان بیماری سرطان و محیط_‌زیست به همراه دارند. میزان مصرف سم در کشور 27 هزار تن است که سهم سرانه هر فرد ایرانی از سم‌های مورد استفاده در کشاورزی 400 گرم گزارش شده و آمار مبتلایان به سرطان در مناطقی که استفاده از سموم و کودهای شیمیایی بالا بوده افزایش نشان می‌دهد.
علی‌رغم موارد اشاره شده، منابع تجدیدپذیر #آب در کشور از 132میلیارد متر مکعب به 89میلیارد مترمکعب رسیده است. عمق خاک‌های زراعی ما ٢٣سانتیمتر است و میانگین عمق خاک در جهان دو متر برآورد شده است. میزان مواد آلی و غنای خاک ما زیر 4/0درصد است، در حالی که میانگین جهانی 5/2‌درصد است. سرمایه‌گذاری در بخش کشاورزی وجود ندارد و کشاورزی ما همیشه محتاج سوبسید و یارانه بوده است که در حال حاضر به‌خاطر کاهش قیمت نفت همان سوبسید هم وجود ندارد. حال در این شرایط که نه آب داریم نه خاک مناسب نه سرمایه‌گذار مناسب، چطور قرار است غذا تامین کنیم؟ از طرفی در حال حاضر نیاز کشور به موادغذایی 300میلیون تن است که صدمیلیون تن آن در داخل تولید می‌شود و بقیه وارداتی هستند، این در حالی است که در آینده قرار است جمعیت کشور به 150میلیون نفر برسد. از طرفی مصرف سرانه اکثر موادغذایی در کشور بیش ازحد استاندارد است، به‌طوری که مصرف سرانه محصولات استراتژی مانند نان، روغن و برنج به ترتیب 5، 2 و2 برابر سرانه جهانی است.