با کمک روش لکه گذاری ساترن، می توانیم قطعات DNA مورد نظر را که قبلا  توسط آنزیم های محدود کننده در محل های معینی برش داده ایم، از لحاظ اندازه تفکیک کنیم. سپس به محیط ژل که حاوی قطعات DNA می باشد، پروب اختصاصی مربوط به توالی مورد نظر خود را می افزاییم. بر اساس اینکه پروب اختصاصی نشان دار شده، بر روی کدام قطعات DNA لکه گذاری می کند، تشخیص می دهیم که توالی مورد نظر ما در این DNA وجود دارد یا خیر. به عبارت دیگر ساترن بلات، تکنیکی اختصاصی برای آنالیز مولکول های DNA بر اساس اندازه آنهاست.  در این تکنیک فقط DNA بررسی می شود.